津波で父が流されて行方不明です。震災から1年以上経っても父の遺体は見つかっていません。死亡しているとは思いますが、手続はどのようにしたら良いでしょうか。

御遺体が未発見の場合であっても、死亡届を提出することができます（戸籍法第86条第3項）。
東日本大震災により亡くなられた御遺体未発見の方の死亡届の取扱いについては、平成23年6月7日付けで法務省民事局から民事第一課長通知が発出されており、チェック方式で作成できる「届出人の申述書」等、死亡届の添付資料が様式とともに示されており、届出人の負担軽減等が図られています。
なお、東日本大震災後、生死不明の状態で1年間経過した場合、家庭裁判所に失踪宣告の手続を申し立てることができます。

• 死亡届には、診断書または検案書を添付しなければなりませんが、やむを得ない事由があるときは、診断書等に代えて「死亡の事実を証すべき書面」を添付することができます（戸籍法第86条3項）。今回の震災では、法務省民事局民事第一課長通知が発出され、「死亡の事実を証すべき書面」として以下のものが示されました。
  (1)届出人の申述書（チェックシート形式で簡便に作成できる書式になっています）
  (2)事件本人の被災の状況を現認した者、事件本人の被災直前の状況を目撃した者等の申述書
  (3)事件本人が東日本大震災の発生時に被災地域にいたことを強く推測させる客観的資料（在勤を証明する資料、在学を証明する資料等）
  (4)事件本人の行方が判明していない旨の公的機関の証明書又は報告書
  (5)その他参考となる書面（新聞等の報道資料、僧侶等の葬儀執行証明書等）
• 上記のうち、(1)は最低限必要で、これに加えて(2)および(3)が添付されていることが望ましく、さらに(4)および(5)も添付されていれば更に望ましいとされています。(1)や(2)の書式は市区町村の窓口に備え置かれています。
• なお、死亡届を提出したからといって、必ずしも死亡が認定されるとはかぎりません。